Двенадцать лет назад , гигантский девятихвостый демон-лис атаковал Коноху . Ради спасения деревни, четвёртый хокагэ  запечатал дух этого лиса внутри ребёнка, своего сына. Хокагэ умер, став героем своей деревни, желая, чтобы люди считали героем и Наруто, который отныне сдерживал мощь Девятихвостого. Но, к сожалению, для большинства Наруто — девятихвостый лис, поэтому они ненавидят его. Их дети не знают его секрет, но тоже ненавидят, как и их родители.
Главная мечта  Наруто стала стать самым лучшим ниндзя в своём селении, то есть Хокагэ. На пути к этой мечте стоит множество преград: окружающие, которые не признают Наруто и презирают его, скептически настроенные одноклассники, учителя, считающие его самым худшим учеником из возможных. Со временем к этому списку добавляются и враги, настроенные весьма решительно. Но Наруто не сдаётся и своими поступками переубеждает всех. Наруто заканчивает обучение в «Академии Ниндзя» и, успешно пройдя все экзамены, начинает выполнять различные миссии в команде с двумя сверстниками(Сакура, Саске) и одним учителем(Хатаке Какаши), постепенно совершенствуясь. Через полгода приходит время очередного экзамена, но его закончить благополучно не удаётся из-за внезапного нападения Орочимару и Суны на Коноху. Атаку удаётся отбить, но селение теряет Хокаге (Сарутоби) ,а Наруто — одного из друзей (Саске), который решил перейти на другую сторону. Сакура пытается остановить Саске при выходе из Селения, но ее попытка заканчивается неудачей. Цунадэ посылает в погоню за ним команду Шикамару в составе Кибы, Чоджи, Неджи и Наруто. Наруто удаётся догнать Саске на границе Страны Звука, но даже при помощи чакры Девятихвостого он проигрывает тяжелый бой со своим другом, который оставляет его без сознания, но живым. Поиск Орочимару становится смыслом жизни Наруто, так как он пообещал Сакуре вернуть Саске любой ценой и в дальнейшем Наруто связывает все свои действия исключительно с этой задачей, но он понимает что он недостаточно силён и поэтому отправляется с Джирай на два с половиной года

Наш сюжет начинается с возвращения Наруто и Дзирайи в Селение Листвы. За это время он стал гораздо серьёзнее, выше (раньше он был самым низким в отряде), сильнее, быстрее и даже умнее. Некоторые его качества всё же остаются такими же: он оказывается единственным из всех сверстников, кто остался на уровне генина — все остальные за два с половиной года, оставшихся за кадром, получили ранг чюнинов, а некоторые даже джонинов — Хьюга Неджи, Канкуро, Тэмари — и кадзэкаге — Гаара.